El proyecto opera en la Puna de Atacama, en el extremo sur de la Zona Volcánica de los Andes Centrales, sobre una superficie de más de 10.000 km². Sus cuencas de estudio se ubican entre los 3.700 y 4.300 m.s.n.m., donde la intensa radiación solar y las altas tasas de evaporación superficial modelan la dinámica hídrica y la distribución de la biota de estos ecosistemas altoandinos.
El área incluye la Laguna Verde, la Laguna del Negro Francisco, la Laguna Santa Rosa y el Salar de Maricunga.
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El Complejo Lacustre Laguna del Negro Francisco y Laguna Santa Rosa es un Sitio Ramsar designado en 1980, que protege 62.460 hectáreas. Los Sitios Ramsar son humedales de importancia internacional reconocidos bajo la Convención de Ramsar, un tratado que busca conservar estos ecosistemas por su rol clave en la regulación hídrica y su alta biodiversidad. El mismo mapa incluye el Parque Nacional Nevado Tres Cruces creado en 1994 y con una superficie de 59.081,87 hectáreas. Este cuenta con una categoría de protección nacional que resguarda un ecosistema altoandino completo (lagunas, salares, vegas, bofedales, fauna y flora de altura) y con un régimen de restricciones más estricto.
A diferencia de las cuencas de estudio señaladas más arriba que representan la extensión completa del área de trabajo del Observatorio, el siguiente mapa delimita los tres sectores puntuales donde se concentra aproximadamente la mayor parte del trabajo de terreno del proyecto: el Salar de Maricunga, la Laguna del Negro Francisco y la Laguna Verde.